Mokslo ir technologijų pasaulis

Itin galingas superkompiuteris, ištyręs didžiulius biologinių mėginių kiekius, identifikavo daugiau kaip 100 000 naujų RNR virusų, o tarp jų ir devynis niekada anksčiau nematytus koronavirusus.

Kaip rašoma žurnale „Nature“, tarptautinė tyrėjų komanda superkompiuteriu peržiūrėjo 20 milijonų gigabaitų genų sekos duomenų iš 5,7 milijono biologinių mėginių, surinktų iš įvairiausių aplinkų – nuo ledo šerdies mėginių iki gyvūnų išmatų. Paieškos metu atrasti 132 000 RNR virusų (tik 15 000 iš jų buvo žinomi anksčiau) ir devynios naujos koronavirusų rūšys.

Komanda tikisi, kad surinkus visą šią gyvybiškai svarbią informaciją, jų darbą bus galima panaudoti užkertant kelią būsimiems ligų protrūkiams ir galbūt net užklupus kitai pandemijai.

„Siekdami suprasti virusų genetinę ir erdvinę įvairovę gamtoje ir tai, kaip įvairūs gyvūnai sąveikauja su šiais virusais, įžengiame į naują erą. Tikimės, kad nebūsime užklupti netikėtai, jei vėl atsiras kažkas panašaus į SARS-CoV-2, – pranešime teigia prie projekto dirbęs nepriklausomas tyrėjas daktaras Artemas Babaianas. - Šiuos virusus galima lengviau atpažinti ir greičiau surasti jų natūralius rezervuarus. Tikrasis tikslas – šias infekcijas atpažinti taip anksti, kad jos niekada netaptų pandemijomis“.

„Jei pacientui pasireiškia nežinomos kilmės karščiavimas, atlikus jo kraujo sekoskaitą, nežinomą žmogišką virusą galima susieti su daug didesne esamų virusų duomenų baze. Jei, pavyzdžiui, Sent Luise pacientui pasireiškia nežinomos kilmės virusinė infekcija, dabar galima per dvi minutes atlikti paiešką duomenų bazėje ir susieti tą virusą su, tarkime, 2012 m. užsachario Afrikoje paimtais kupranugario mėginiais“, – aiškina jis.

Šiuo metu liūdniausiai pagarsėjęs koronavirusas, žinoma, yra SARS-CoV-2, tačiau yra ir 2002 m. atsiradęs SARS-CoV bei MERS-CoV, sukeliantis Artimųjų Rytų kvėpavimo takų sindromą (MERS).

Kartu su šiais pavojingais koronavirusais egzistuoja keturi, kurie paprastai žmonėms sukelia tik peršalimo ligas. Šie devyni naujai nustatyti koronavirusai greičiausiai atsirado kiaulių, paukščių ir šikšnosparnių organizmuose – tačiau kol kas nežinoma, ar jie gali užkrėsti žmones.

Šiame tyrime naudoto superkompiuterio skaičiavimo pajėgumas lygus 22 500 tipinių procesorių. Šiai analizei atlikti įprastiniam superkompiuteriui prireiktų daugiau nei metų (jau nekalbant apie šimtų tūkstančių dolerių išlaidas), tačiau šis superkompiuteris darbą atliko per 11 dienų, o darbų kaina siekė vos 24 000 dolerių.

Tyrimas gali padėti pagerinti patogenų stebėjimą, siekiant numatyti ir sušvelninti būsimas pandemijas, tačiau, nepaisant šio drąsaus pažado, daktaras A.Babaianas sako, kad pradėjo tyrimą kaip „smagų šalutinį projektą“.

Parengta pagal „IFL Science“.